全國重點實驗室11個（牽頭建設8個，參與建設3個），居全國醫學院校之首，占全國醫藥領域近1/6。
國家臨床醫學研究中心（5個）
基地名稱 |
依托單位 |
國家心血管疾病臨床醫學研究中心 |
中國醫學科學院阜外醫院 |
國家婦產科疾病臨床醫學研究中心 |
中國醫學科學院北京協和醫院 |
國家惡性腫瘤臨床醫學研究中心 |
中國醫學科學院腫瘤醫院 |
國家皮膚與免疫疾病臨床醫學研究中心 |
中國醫學科學院北京協和醫院 |
國家血液系統疾病臨床醫學研究中心 |
中國醫學科學院血液病醫院 |
國家科技資源共享服務平臺（4個）
基地名稱 |
依托單位 |
國家人口健康科學數據中心 |
中國醫學科學院 |
國家發育和功能人腦組織資源庫 |
中國醫學科學院基礎醫學研究所 |
國家生物醫學實驗細胞資源庫 |
中國醫學科學院基礎醫學研究所 |
國家人類疾病動物模型資源庫 |
中國醫學科學院醫學實驗動物研究所 |
國家技術創新中心（1個）
基地名稱 |
依托單位 |
國家動物模型技術創新中心 |
中國醫學科學院醫學實驗動物研究所 |
國家“一帶一路”聯合實驗室（1個）
基地名稱 |
依托單位 |
中國-以色列人群醫學“一帶一路”聯合實驗室 |
中國醫學科學院血液病醫院（中國醫學科學院血液學研究所） |
國家重大科技基礎設施（1個）
基地名稱 |
依托單位 |
轉化醫學國家重大科技基礎設施（北京協和） |
中國醫學科學院北京協和醫院 |
其他國家級科研基地平臺（8個）
