北京協和醫學院是我國現代醫學教育的發源地，開啟了我國八年制臨床醫學教育和高等護理學教育的先河。在中國現代醫學的各個領域，協和人或成為奠基人，或成為開拓者，在我國醫學教育領域具有特殊的地位和獨特的社會影響力。我校辦學特色鮮明，一直堅持“高進、優教、嚴出”的培養模式，以培養具有真才實學、學風嚴謹、醫德高尚、醫術精湛的醫教研復合型人才而聞名，不僅造就了林巧稚、黃家駟、吳階平等中國醫學界的泰斗，還培養了一大批享譽國內外的著名臨床醫學家、醫學科學家、醫學教育家、護理學家和醫政管理家，在國內外享有很高的聲譽。
我校的本科招生共有三個專業：臨床醫學（八年制）專業、護理專業和藥學專業。臨床醫學（八年制）專業創辦于1917年，護理專業本科創辦于1920年，兩個專業均為國家特色專業建設點。藥學專業本科創辦于2024年。
臨床醫學（八年制）專業學制8年，每年招生總數不超過90人。前2.5年為醫學預科階段，在清華大學學習普通自然科學、社會科學和人文科學課程。后5.5年為醫學本科階段，在協和本部學習基礎醫學和臨床醫學課程，完成臨床實習、科研訓練和畢業論文。學生畢業時成績優秀、符合學位授予規定者可獲得醫學博士學位。其特色是實行“八年一貫制，本碩博融通，加強基礎，注重技能，強調素質，整體優化，面向臨床、科研”。
護理學本科專業學制4年，每年招生總數為150人，學生畢業時符合學位授予規定者授予理學學士學位。大多數畢業生成為護理行業的領導及骨干，為推動中國護理事業的建設和發展發揮了重要作用。至今已有8名畢業生獲得國際護理學界最高榮譽“南丁格爾獎”，為我國護理院校之首冠。
協和藥學專業本科學制4年，學生畢業時符合學位授予規定者授予理學學士學位。學生將由北京協和醫學院藥學院和北京師范大學化學學院聯合培養，前兩年在北師大開展通識教育和基礎課程學習，后兩年在協和藥學院進行藥學相關專業課程學習、開展實踐和藥學研究基礎訓練。在讀期間，協和醫學院將為高年級本科生提供全額資助的境外交流訪學機會。符合要求的畢業生可按推免直博的方式進入藥學相關專業直接攻讀博士學位。
為貫徹落實國務院辦公廳關于加快醫學教育創新發展的指導意見精神，推動醫學教育與多學科融合，建設世界一流醫學院，我校于2018年開始啟動了臨床醫學專業培養模式改革試點班（“4+4”醫學試點班，以下簡稱“試點班”），面向全球高水平大學招收學科基礎寬厚、熱愛醫學、個性心理特征適合學醫、具備成為卓越醫生潛質的優秀本科生，以培養多學科背景的高層次拔尖創新醫學人才。試點班學制為4年，畢業時符合要求者授予臨床醫學博士（M.D.）學位。試點班的培養方案采用以模塊教學為特征的醫學基礎教育和臨床醫學教育。采用多學科整合課程結構，體現基礎與臨床的高度融合；同時引入以學生為中心的教學理念，強調自主學習，強化實踐技能培養，并實行貫穿全程的職業素養教育和學術能力構建；致力于培養思想品德高尚，具備社會擔當、國際視野、創新精神和實踐能力的多學科背景的復合型高層次卓越醫學領軍人才。
