北京協和醫學院繼續教育學院是學校高等教育事業的重要組成部分，于1984年開展繼續教育工作。目前，繼續教育處繼續教育學院負責協調和管理全院校的繼續教育工作，承擔高等學歷繼續教育、高等教育自學考試相關工作等。
2011年，北京協和醫學院獲批教育部“高等學校繼續教育示范基地”，2014年榮獲人力資源和社會保障部“國家級專業技術人員繼續教育基地”。兩個國家級基地涵蓋在繼續醫學教育項目培訓等多種形式的教育體系之中。
北京協和醫學院高等學歷繼續教育設有專科、專升本兩個層次護理學、醫學影像學、醫學檢驗學三個專業。高等教育自學考試設有護理學專業專科和獨立本科兩個層次。
院校有國家級繼續醫學教育基地12個，分別為：北京協和醫院婦產科、北京協和醫院內分泌與代謝病科、北京協和醫院影像技術影像診斷培訓中心、北京協和醫院風濕病學臨床和實驗室培訓中心、北京協和醫院消化內科、北京協和醫院呼吸內科、中國醫學科學院阜外醫院心內科、中國醫學科學院阜外醫院心外科、中國醫學科學院腫瘤醫院、中國醫學科學院整形外科醫院整形外科、中國醫學科學院血液病醫院、中國醫學科學院皮膚病醫院。每年通過北京協和醫學院繼續教育處繼續教育學院申報國家級繼續醫學教育基地項目和傳統項目200余項，總共培訓5萬余人次。繼續教育處繼續教育學院負責項目的初審、申報、備案，并協助各單位進行項目實施中的監督管理和項目執行后的評價等管理工作。
面向衛生系統開展“住院醫師規范化培訓及專科醫師培訓”“全科醫學師資培訓”等多種形式的專業技能型培訓。受國家衛生健康委的委托，運行“全科醫學師資培訓”計劃；積極參與國家衛生健康委“基層全科醫師培訓”工作；舉辦“紅十字天使計劃鄉村醫生培訓班”等，推動中國紅十字基金會實施“紅十字天使計劃”。
北京協和醫學院為國家級遠程繼續醫學教育機構。繼續推進信息化建設，建好繼續醫學教育信息化培訓平臺，大力開展遠程繼續醫學教育。實現協和優質繼續醫學教育項目線下線上全覆蓋，為全國的基層醫務工作者創造更多地接受協和醫學教育的機會。開展全國三級醫院領軍人才系統化、規范化、國際化管理培訓項目，讓協和的繼續醫學教育惠及全國醫務工作者，推進“一帶一路”繼續醫學教育工作，把智慧和力量凝聚到落實黨的十九大確定的各項任務上來，辦好新時代中國特色繼續醫學教育。
