錢昌年，1934年出生于江蘇無錫。1956年6月加入中國共產黨。1953年考入北京醫學院醫療系，畢業后分配至中國醫學科學院病理系。先后擔任醫大生物物理專業班班主任兼黨支部書記。1963年調入醫科院科研處，1979年起先后任人事處技術干部科科長、人事處副處長、人事處處長。
1985年1月任中國醫學科學院副院長，協和醫大副教授。1986年6月起任院校黨委書記兼副院校長，2002年至2011年擔任院直機關退休黨支部書記。
在任期間，組織領導全院校的人事制度（工資、職稱等）改革工作，推動院校的改革發展工作，先后獲得院校先進工作者，優秀共產黨員，優秀黨務工作者。并于1992年10月享受國家政府特殊津貼。
1988年10月晉升為副研究員，1995年5月晉升為研究員，1989年至2013年任中國衛生法學會副會長。
