2022年10月28日，中國醫學科學院系統醫學研究院/蘇州系統醫學研究所（簡稱“系統所”）陳東升課題組在Nucleic Acids Research《核酸研究》發表了題為“SPEED: Single-cell Pan-species atlas in the light of Ecology and Evolution for Development and Diseases”（SPEED數據庫：從生態學和演化角度研究發育與疾病的單細胞泛物種數據庫）的研究論文。該研究創建了一個超過120個物種的單細胞多組學在線分析工具SPEED（http://speedatlas.net）。SPEED包括演化、發育以及疾病等多種數據集，有效呈現了不同物種、多個組織在生理和病理狀態下的單細胞測序數據。
單細胞測序技術可對細胞類型進行無偏分類，剖析單個細胞的基因表達、識別細胞異質性。近年來通過單細胞技術已經完成了眾多物種的多個組織、器官細胞圖譜，單細胞數據量也正在快速增加，但對于不具備生物信息學基礎或者缺乏計算資源的研究人員來說，海量數據集的收集整理、下載分類、分析可視化與細胞類型注釋卻阻礙了這些資源的進一步利用。因此，本項目建立了一個系統的單細胞數據庫——SPEED，為更多研究人員提供數據資源與可視化、交互式分析工具。
目前SPEED數據庫已收錄數據集超過600個，網站包含“展示模塊”（HOME, HELP）、“數據模塊”（Pan, Evo, Devo, Diz）與“分析模塊”（C2C, G2G, S2S, sSearch, sUp, sDown, sMarker）三大類，共13個功能模塊。網站涵蓋泛物種（Pan）、演化（Evo）、發育（Devo）與疾病（Diz）相關的大量單細胞多組學數據，功能包括細胞通訊分析（C2C），基因間互作（G2G），物種間轉錄因子表達模式（S2S）等。同時，為優化用戶的使用體驗，所有數據都進行了細胞注釋與交互式的網頁可視化。可視化網頁提供提取子集、調節可視化參數、下載圖片等多種交互式功能，展示了細胞信息、基因表達、細胞比例等多種信息，其中基因表達以降維圖、小提琴圖、箱線圖、氣泡圖與熱圖等多種效果呈現。
SPEED數據庫簡介
該項目獲得中國醫學科學院醫學與健康科技創新工程（2021-I2M1-061），中國醫學科學院中央級公益性科研院所基本科研業務費（2022-RC416-01）和江蘇省自然科學青年基金（BK20220279）等項目的支持。系統所陳東升研究員與復旦大學附屬中山醫院王向東教授為論文共同通訊作者。系統所2022級協和博士研究生陳揚風、深圳市兒童醫院張星亮副研究員，中國科學院大學博士研究生彭茜，系統所科研助理金奕成，協和博士研究生丁佩文為共同第一作者。
原文鏈接：https://doi.org/10.1093/nar/gkac930
